大棚种植黄瓜要防止病害、虫害、杂草危害，尤其是栽培有机黄瓜要求最为严格，禁止使用各种农药，而种植绿色黄瓜虽然允许使用部分农药，但必须严格遵守农药使用准则，要选用高效、低毒、低残留的化学农药，严禁超标使用农药，种植黄瓜病虫草害防治，要以预防为主，尽量少用或者不用化工合成农药，推广使用生物源农药，生物防治，物理防治以及农业综合防治。
      一、农业防治；
      1、浸种；把挑选的优良种子放入55℃的温水中浸泡20分钟，可以有效地杀死种子表面和种子内部潜藏的病菌，由于种子比病菌具有更高的抗热性，温水浸种就是利用种子比病菌耐热性强，既可以杀死种子内外的病菌，又不会损伤种子。
      2、育苗；黄瓜育苗提倡在洁净的自然环境或者棚室内进行，选用有机基质，人为调控大棚内的生态环境，营造一个利于黄瓜生长发育的环境，与外界隔离培育黄瓜苗，防止病害、虫害传染。
      3、换茬轮作，使用腐熟的禽畜肥；黄瓜栽培必须换茬轮作，可以有效地减少病害虫害的发生；施肥时忌用新鲜的禽畜粪便，没有经过充分腐熟的粪便含有病菌和寄生虫，不能直接施用，要经过堆制充分发酵，在腐熟的过程中杀死各种病菌、虫卵和杂草种子，充分腐熟的有机肥逐步分解为利于植物的营养成分，满足植物生长发育对养分的需求。
      4、加强田间管理；挑选无病虫害的优良壮苗分级定植，定植时在进行优选，黄瓜幼苗按大小、分级、分区、适当稀植，这样利于田间管理；
      二、物理防治；
      1、高温闷棚；黄瓜定植前半个月，要精细整地、浇足底水、覆盖棚膜，用85%敌敌畏按每亩400ml的用量配制药液，均匀喷施地表，然后按每亩用3kg硫磺粉，均匀分成四至五堆点燃，点燃后立即严密封闭大棚，高温闷棚十天左右，能够较为彻底的消灭棚内病原和虫卵。
      2、隔离、驱避措施；采用覆膜栽培，可提高保湿能力，降低棚内空气湿度，减少灌溉次数，在大棚通风处覆盖防虫网或银白色遮阳网，并在大棚上面和周边张挂银白色薄膜条，可以减少病虫害侵入，防止病菌传播。
      3、诱杀措施；在大棚里张挂黄颜色的粘虫板，蚜虫飞上粘虫板会被粘住杀死；用白糖60%、陈醋30%、10%的白酒，再加入相同比例的水以及90%的敌百虫10%，调拌均匀后装入小盆或者大碗内，可以诱杀小地老虎斜纹夜蛾等害虫；
      三、生态防治；每种病菌都要求一定的生长环境，环境条件适宜时，病害虫害才会发生和蔓延，不同种类的病菌对生长环境的要求不同，生态防治就是利用这个差异，创造一个不利于病菌生长发育、而适合作物生长发育的环境，可以起到控制病害发生的效果。
      四、化学药剂防治；化学药剂防治是利用化学农药防治病害虫害发生，虽然使用农药有污染环境、破坏生态平衡等弊病，但是化学药制防治对象广、防治效果好、成本低、见效快、使用方便等优点，因此，化学药剂防治是防治病害虫害发生的重要方法；
      1、适量合理使用农药；农药要选择高效、低毒、安全、无污染的农药，灭杀害虫时尽量选用生物农药，严格控制用药量，避免发生药害；设计一种农药或几种农药连续多次使用，避免病害虫害产生抗药性，降低防治效果。
      2、提高药效和喷药质量；用药时适量的添加粘合剂或其它增效剂，喷洒可湿性粉剂时，应当适量添加粘合剂，提高药液分散性与黏着性，可以延长药效时间；喷施乳油制剂时，应添加适量的洗衣粉，增加药液浸润性，喷药要均匀喷施，植物的叶片正反两面、茎蔓、果实、地面全部都要被喷到，这样才能提高病害、虫害防治效果。
      3、彻底消灭病虫害；大棚栽培与露天栽培不同，大棚内环境封闭，消灭病虫害要彻底，避免留下隐患。
      大棚栽培黄瓜，严禁使用高残留、剧毒性农药，如呋喃丹、乐效磷、甲胺磷、杀虫脒、氧化乐果等农药。